Saat itu, Gus Dur sebagai Ketua Dewan Syuro sementara Muhaimin merupakan Ketua Dewan Tanfidz (menggantikan Alwi Shihab).
Namun, kali ini Gus Dur yang kerap kali melakukan pemecatan terhadap pimpinan PKB, kalah dengan Muhaimin yang tak lain adalah keponakannya sendiri.
Gus Dur, waktu itu memecat memecat Muhaimin. Alasan pemberhentian itu pada dasarnya masih bias; antara karena ada pelanggaran normatif ketua Dewan Tanfidz terhadap AD/ART partai atau karena ada tendensi politis.
Kasus ini lalu menggelinding ke meja pengadilan, dan akhirnya PKB versi Muhaimin yang diakui, sehingga berhak mendaftar sebagai peserta pemilu.
Masalah ini sepertinya berbuntut panjang hingga kini. Beberapa orang pro Gus Dur, masih menyimpan bara konflik yang tak kunjung padam.
Muhaimin kepada Mata Najwa kemudian menjelaskan perihal konflik tersebut. Muhaimin seolah terbiasa dihadapkan dengan isu konflik tersebut.
"Sampak keluar lagi tuh (setelah duet Anies - Muhaimin deklarasi,red) wah sama pasangannya juga dulu mengkudeta Gus Dur, berkhianat juga pada gus dur, musiman," kata Muhaimin, mengutip Mata Najwa, Selasa 5 September 2023.
Muhaimin menjelaskan bahwa tuduhannya mengkudeta Gus Dur sama sekali tidak beralasan.
Menurut Muhaimin, dia lah yang dikudeta oleh orang-orang yang hasilnya adalah Gus Dur memecat dirinya.
Meski begitu, Muhaimin mengaku menerima keputusan Gus Dur saat itu, berhenti dengan ikhlas.
"Saya nonaktif, hampir satu tahun saya menyatakan terima pemberhentian oleh Gus Dur, bahkan termasuk yang paling langka, semua orang yang diberhentikan Gus Dur ngelawan, satu-satunya ketua umum yang dipecat Gus Dur dan tidak melawan hanya saya," jelas Muhaimin.
Muhaimin menceritakan awal mula dirinya berkonflik dengan internal PKB. Kata Muhaimin, saat itu terjadi kepemimpinan Ali Maskur sebagai Wakil Ketua Umum dan Yenny Wahid sebagai Sekjen. Kata Muhaimin, itu terjadi sekitar satu tahun.
"Dan saya tidak ikut-ikut, saya kembali menjadi salah satu ketua, nah dalam proses kepemimpinan Ali Maskur dan Yenny inilah itu hasil kudeta terhadap saya, dan saya terima, tidak ada masalah," kata Muhaimin.
Ketika tiba musim Pemilu, maka PKB harus mendaftarkan diri sebagai peserta Pemilu. Namun tersangkut masalah legalitas.
Muhaimin mengatakan bahwa PKB saat itu nyaris tidak mendaftarkan diri karena di atas kertas, dirinyalah ketua umum.
"Tapi karena itu enggak legitimate, bukan ketua Umum, maka harus mengganti ketua umum supaya bisa daftar ke KPU, karena harus daftar ke KPU maka yang Sah di KPU adalah tandatangan saya sebagai ketua umum, dan yenny sebagai Sekjen," lanjut Muhaimin.
Setelah mencari jalan titik temu agar bisa mendaftar, akhirnya jalan yang singkat dan cepat adalah mengikuti ketentuan yang ada.
Dirinya sebagai ketua umum yang tandatangan pendaftaran ke KPU dan sekjen dikembalikan ke semula yakni Lukman Edy.
"Di situ KPU menerima (Ketum Muhaimin dan Sekjen Lukman Edy), tapi udah remuk kita, nah justru yang hampir gagal pendafaran itu," kata Muhaimin.
Meski begitu ia mengakui bahwa di depan Gus Dur, ia telah menandatangani surat pengunduran diri.
Muhaimin menceritakan momen tersebut. "Gus Dur panggil saya, Gus dur malah kaget, (kata Gusdur)saya enggak nyangka kamu mau saya berhentikan. (jawab Muhaimin) Mau Gus, buat apa saya berantem, saya bilang, capek udah berkali-kali kita ini, (Kata Gusdur) ya sudah kamu bikin surat pengunduran diri sekarang, ini sudah ada draftnya."
"Iya saya tandatangan, saya tandatangan surat pengudnuran diri agar semua smooth, surat pengunduran diri saya tandatangan saya kasih gus dur agar bisa jalan di KPU."
"Apa yang terjadi, semua orang belum tahu, apa yang terjadi Gus Dur, luar biasa, (kata Gusdur) Surat saya terima Min, tapi tolong kamu sendiri yang simpen, nanti kamu keluarkan kalau bener-bener saya butuh. (Muhaimin) Sampai hari ini tidak pernah diminta Gus Sur surat itu ada di saya, ini behind the sign yang sesungguhnya , sehingga Alhamdullilah bisa lolos, ada saksi-saksinya juga," cerita Muhaimin mengenang momen tandatangan Pengunduran diri di depan Gus Dur.
